《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事 大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……
永井（铃村健一 配音）一直将对学弟斋藤（远近孝一 配音）的爱慕埋藏在心底，直到有一天，他得知了斋藤结婚的消息，伤心的永井只能闷声将自己灌醉。晕头转向的他在街上偶然遇见了贤三（森川智之 配音），面对这个可怜的男人，贤三只得将他带到附近的旅馆中休息。接着酒劲儿，永井和贤三接吻了，两人的不解之缘就此展开。就在两人的感情日渐升温的时候，愁眉苦脸的斋藤回来了。一边是曾经背叛自己和别人结婚的学弟，一边是危难时刻一直支撑着自己的情人，优柔寡断的永井一时间难以做出抉择，而就在这个节骨眼上，永井的前女友凉子（泷本富士子 配音）居然也强势回归了，四人之间剪不断理还乱的感情会有怎样的发展呢？
美幸和夏实分别完成一年的研修重返墨东署。跟著，区内接连发生多宗案件。 先有葵双叶和赖子发现一批数量庞大的鎗械，继而发生交通灯神秘故障以及电话线不通的意外。 后来，眾人在一次捣破走私鎗械交易的行动中发现一隻光碟，可是，其中的资料却无法开啟。那时候，一名神秘人致电墨东署他在隅田河的桥上放置了炸弹……！
