《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事 大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……
表面上，宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）是一个身高一米八的成熟男性，可实际上，他只是一个年仅12岁的少年。由于身高而在女生中间有着意外高的人气的他，却也因此有着不少的烦恼。敦志的姐姐宫川敦美（钉宫理惠 配音）目前在读高中二年级，可有着一米三七超娇小个头的她，常常被误认为是敦志的妹妹。 上天开了小小的玩笑，而这倒置的两人却在困扰和麻烦中努力的生活着。喜欢着敦志的沙夜（平野绫 配音），十分在意敦志的班主任盛山二见（田宫智惠 配音），一直陪伴着敦志的好友小绿（柏山奈奈美 配音）和小纯（东城咲耶子 配音），每一个善良而单纯的人们都在用自己特殊的方式默默的帮助着姐弟两。
