魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
一个神秘爬行动物的到来，把温馨的动物城搅动得天翻地覆。面对全新的城市危机，警官兔朱迪（金妮弗·古德温 Ginnifer Goodwin 配音）与狐尼克（杰森·贝特曼 Jason Bateman 配音）将继续携手为保卫动物城而奔波。在追捕行动中，这对老搭档不仅要揭开新角色的神秘面纱，还要前往被迷雾笼罩的新领域，探索未知的地下黑市，一场疯狂动物城的全新冒险即将展开……
美幸和夏实分别完成一年的研修重返墨东署。跟著，区内接连发生多宗案件。 先有葵双叶和赖子发现一批数量庞大的鎗械，继而发生交通灯神秘故障以及电话线不通的意外。 后来，眾人在一次捣破走私鎗械交易的行动中发现一隻光碟，可是，其中的资料却无法开啟。那时候，一名神秘人致电墨东署他在隅田河的桥上放置了炸弹……！
