2014年，突然现身的外星人「佩多拉」向地球人提出「交易」，以石灰岩作为交换，地球人获得了比战机、战车、枪更便宜好用，任谁都能轻易驾驶的意识控制型泛用机器人「EXOFRAME」，并迅速扩散于全球，既能作为交通工具、工业机械，亦可成为战争机器…。2015年，首场以EXOFRAME作为武器的战事爆发，看似充满好处且和平的交易背后，隐藏的真相究竟为何…？
酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……
表面上，宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）是一个身高一米八的成熟男性，可实际上，他只是一个年仅12岁的少年。由于身高而在女生中间有着意外高的人气的他，却也因此有着不少的烦恼。敦志的姐姐宫川敦美（钉宫理惠 配音）目前在读高中二年级，可有着一米三七超娇小个头的她，常常被误认为是敦志的妹妹。 上天开了小小的玩笑，而这倒置的两人却在困扰和麻烦中努力的生活着。喜欢着敦志的沙夜（平野绫 配音），十分在意敦志的班主任盛山二见（田宫智惠 配音），一直陪伴着敦志的好友小绿（柏山奈奈美 配音）和小纯（东城咲耶子 配音），每一个善良而单纯的人们都在用自己特殊的方式默默的帮助着姐弟两。
