主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
港湾都市“里布拉市”。作为政治经济文化中心将城市中的“富”集结起来的“上城”，以及充斥着渎职和犯罪、人们不得不互相猜疑的“外围”，分隔这两个区域的巨大运河以及一座“桥”。由这些所构成，正可谓是将人类的“差别意识”表面化的城市。 从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅，在追查种种事件的过程中，遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……？ 这三个“妖怪人”，各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”；憧憬人类，希望通过和人类上同样的学校来理解人类，以成为人类为目标的“贝拉”；看透人类和世间，冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中，以及与人类相互接触的过程中，不断受伤，不断烦恼。即使为了人类而战，但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她，究竟有何目的？
