在一座名为海湾城的超级大都市里，少年炽焰与同班同学小星、美琪无意中发现校园竟然存在着神秘的社团，同时目睹高年级学生深蓝、铁拳和小雪追逐着一头小恐龙，好奇心促使炽焰三人去寻找答案，无意中发现了时空裂缝及其带来的一连串惊天秘密，随之校园及城市陆续陷入了混乱危机。炽焰、深蓝、美琪、小星、铁拳这五个性格各异的少年组建了钢铁飞龙战队，开始了磕磕碰碰又惊险刺激的冒险旅途……
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
