有一个距离地球七万光年的星球“阿瑞斯星”阿瑞斯星是整个银河系的守护星球。阿瑞斯拥有一支由三大军团所组成的铠甲部队。星球本身以及整个银河系里的星球，都是由这支强大的部队所保护。皮尔王是阿瑞斯星球的统治者，而掌管铠甲部队的路法总长则协助皮尔王坐上银河系霸主的宝座。两人一文一武合作无间，直到有一天，阿瑞斯星球盛传路法总长蓄谋叛变的消息。
酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……
