宋皇徽寒宗赵佶深好蹴鞠，大奸臣高俅凭出色球技而被赏，得赐高官厚禄，但为己私利残害忠良、操纵蹴鞠胜负。北方金人强盛并举兵压境，提出以蹴鞠胜负决定国家存亡。高俅不顾国家利益和民族尊严，派杀手狙杀洪风、向流云等人。幸风、云二人在“太和楼”进身“齐云社”过程中苦练成“新月如钩”、“二人小出尖”、“昆仑三脚”等绝技，在好友索玉儿、金宝贝及高城侠女秋燕等人的帮助下，终于在生死存亡的危险关头，击败金人消除灭国之灾。并携徽宗特赐金靴举家避高俅追杀远走西域，传播中华蹴鞠文化于世界。
小羊们被卷入一个毁灭世界的惊天阴谋，穿梭在混乱的时间轴里，拯救被扰乱的时空。在这一次的冒险中，他们穿梭历史，回到过去，帮助一个个受到影响的老朋友，更在这一过程里，发现一些当年隐藏在背后的真相，在逐步接近的灭世危机中，小羊们该如何保护眼前的朋友们呢？
小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
