明嘉靖年间，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，明朝危在旦夕。南京城内，南京总兵程肃之子程闻道天资聪慧、少年得志，本欲与青梅竹马的郡王府郡主李蓁蓁喜结良缘，然而，这一文一武两家的联姻，却引起了朝廷高官明德的恐惧。 于是，明德设计提拔程闻道的结拜弟兄高剑雄，并假传圣旨将程闻道一家灭门。心存愧疚的高剑雄放了程闻道一条生路，但两人从此结怨。重伤的闻道被少林僧人救回少林药局救治，一段关于“禅、武、医”的问道故事就此展开。
姜暮（虞书欣 饰）自幼父母离异，随母亲长大。成年后，姜暮独自飞往察国寻找父亲靳强和哥哥靳朝（何与 饰）。两人并非亲兄妹，靳朝从小被靳强领养，靳强离婚后将靳朝带走。靳朝如今的生活充满着危险和未知。随着时间的推移，姜暮逐渐融入靳朝的圈子，也发现了靳朝冷漠外表下的温柔。在经历过一些事情之后，两人勇敢地承认了内心的那份感情。然而一场意外导致两人断联。多年后，他们在南京重逢，沉寂多年的真相终于浮出水面，当年的误会与秘密也随之揭开。
本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩（倪大红 饰）党羽密布、权倾朝野，清官海瑞（黄志忠 饰）不惧强权，敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达，市井文化也算繁荣，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满，“倒严”之声甚嚣尘上，从上至下、从里到外，从朝廷到地方官府，到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......
该剧改编自步月浅妆的小说《权宠之仵作医妃》，讲述大理寺卿沈毅因卷入晋王案，全家惨遭灭门，其女沈莞借用秦府九娘子秦莞的身份逃到荆州。原本柔弱可欺的秦莞“性情大变”，不仅会治病救人，还能剖尸探案，顺带将秦府的伯母庶妹姨娘刁奴治得服服帖帖。探案期间秦结识了睿王世子燕迟，燕迟一心为晋王翻案，与秦莞为父昭雪的目标不谋而合，二人一起回京，途中联手破获了各式诡谲大案。回京后，一具意外发现的骸骨让晋王案得以重提，燕迟和秦莞一起慢慢接近了案件的真相，发现了皇宫里深藏的惊天秘密。
