喜羊羊与灰太狼意外被带到了未来世界，为了回到自己的时空，二人与未来的小羊们收集分散的象星石碎片。但过程中，一神秘反派也派遣厉害的手下来抢夺碎片，于是双方势力开展了精彩纷呈的碎片争夺战。
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
莱昂内尔爵士（休·杰克曼 Hugh Jackman 配音）是一名怪物调查员，为了获得探险精英的认可，他将自己的生死置之度外，为了寻找未被人类发现的怪物跋山涉水，远渡重洋，发誓要将自己探险的足迹遍布整个世界。某日，雷昂内尔爵士收到了一封匿名信，信中声称，在美国太平洋西北地区发现了一只罕见的，体型巨大的长毛怪。如获至宝的莱昂内尔爵士立刻就踏上了前往那里的旅途。 果不其然，很快，莱昂内尔就见到了自己的梦中情怪——林克先生（扎克·加利费安纳基斯 Zach Galifianakis 配音），让莱昂内尔爵士感到震惊的是，林克先生似乎缺乏野心，而且精通人类的语言。在林克先生的请求下，莱昂内尔爵士决定带着他前往香格里拉，去寻找他在那里生活的远亲——大雪怪。
