延续了第一部的风格，继续对经典童话进行善意的颠覆。 史莱克和费奥娜公主度完浪漫的蜜月后，回到沼泽地。受费奥娜的父母哈沃尔德国王和莉莲王后的邀请，怪物夫妻带着他们的驴子，浩浩荡荡赶往“遥远国”。 国王和皇后见到分别多日的女儿和乘龙快婿，惊喜变成惊吓，灾难似乎也从此开始。 公主从前的仙女教母，很早前就曾叫自己的儿子“魅力王子”去城堡里屠龙救美，可惜让史莱克抢先了一步，她找到了童话中鼎鼎大名的怪物杀手穿靴子的猫，准备抢回自己心目中的媳妇。
话说在纽约市的下水道之中住着四只功夫高强的忍者龟,它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠.一次偶然机会,它们救了一名正义的电视女记者,她也成为了唯一知道忍者龟藏身处的人....
故事的主角是五个无恶不作的坏蛋——风度翩翩的扒手“大坏狼”、见多识广的保险箱窃贼“贪心蛇”、冷静沉稳的伪装大师“美肚鲨”、暴躁易怒的打手“食人鱼”、伶牙俐齿的黑客专家“骇客蛛”闪亮登场，他们是最臭名昭著的“坏蛋联盟”。他们平时威风八面，四处作案，令人闻风丧胆。直到某一天，他们突然想成为模范公民，然而转型路途甚是艰难，且意外层出不穷，令人啼笑皆非。
