工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
故事发生在第二次世界大战爆发几天后的东部战线，纳粹德军的党卫队司令官Martin Linz意图唤醒出十二世纪东征十字军的超能力部队，并组成幽灵军团来攻占苏联。片中的五位年轻主角Nadya、Leo、Zena、Marat、Valya是在苏联军队中接受了手术改造的异能士兵，而他们的任务即是尽全力消灭这批幽灵兵团，以击败纳粹司令官的野心。
